更新日：2025年12月4日
令和7年11月19日に改正された所得税法施行令にともない、通勤手当の非課税限度額が引き上げられました。
この改正は令和7年4月1日以後に支払われる通勤手当に適用されます。
改正前の非課税限度額を超えた通勤手当を支払っていた場合、令和7年分の年末調整で対応が必要となる場合があります。
このページでは、『Cells給与』で年末調整をおこなう場合に、
新たに非課税対象となる通勤手当の遡及額を入力して計算する方法について解説します。
※なお、『Cells給与』ではVer9.61へのバージョンアップ(2025年12月4日(木)提供)にて「通勤非課税調整機能」を搭載いたしました。
バージョンアップ後に本機能をご利用のうえ、年末調整計算をおこなう場合は、
「通勤非課税調整操作マニュアル」をご参照ください。
非課税対象額を入力して年末調整する方法
※あらかじめ令和7年4月1日以降に支払われた通勤手当で新たに非課税となった金額を算出しておく必要がございます。
1.「年末調整」の「調整支給の入力」をクリック
2.対象者の「支給額(課税計)」に遡及金額をマイナスで入力
すでに「支給額(課税計)」に値が入力されている場合は、その値から遡及金額を差し引いた金額を入力してください。
入力後、「閉じる(登録)」をクリックして画面を閉じます。
3.「年末調整計算」より計算を実行
令和7年12月1日以降に年末調整計算をおこなう場合は、
「年調計算設定」欄の「税制改正後」を選択し、年末調整計算結果反映先を選択して実行します。
源泉徴収簿への記載について
年末調整で通勤手当の非課税額分を精算する場合、
源泉徴収簿に新たに非課税となった部分の金額や計算根拠を余白に記載する際の記載例が国税庁ホームページにて掲載されています。
出典：年末調整で精算する際の源泉徴収簿の記載例(国税庁ホームページ)
上記の「調整支給の入力」で入力をした場合、源泉徴収簿への自動記載はできかねますのでご注意ください。
なお、国税庁ホームページ「通勤手当の非課税限度額の引上げに関するＱ＆Ａ」のQ11では、
正しく年調年税額が算出されていれば、新たに非課税となった金額やその計算根拠の記載を省略しても差し支えない旨が記載されています。