令和7年通勤非課税限度額引き上げに伴いCells給与にて必要となる業務について

更新日：2025年12月4日

【最新情報】

Cells給与V9.61にて「通勤非課税調整機能」に対応しました。

詳細は「【バージョンアップ】Ver9.61提供のお知らせ(2025/12/4)」よりご確認ください。

【2025年11月27日情報】

「通勤非課税調整機能」追加を予定しているCells給与V9.61の提供内容を更新しました。

【2025年11月21日情報】

令和7年11月19日に改正された所得税法施行令に伴い、令和7年4月1日以後に支払われる通勤手当の非課税限度額が引き上げられました。
参考：国税庁「通勤手当の非課税限度額の改正について」

このページでは、上記の改正にともないCells給与にて必要となる業務についてご案内します。

通勤非課税限度額改正のポイント

改正後の通勤非課税限度額

今回の改正により、通勤のため自家用車などの交通用具を利用している給与所得者のうち、片道10km以上の通勤距離である方が対象に、通勤手当の非課税限度額が引き上げられました。

出典：国税庁「通勤手当の非課税限度額の改正について」

改正後の通勤非課税限度額の適用対象

本改正は、令和7年11月20日に施行され、令和7年4月1日以後に支払われるべき通勤手当について適用されます。
このため、改正前の非課税限度額を超えた通勤手当を支払っていた場合には、令和7年分の年末調整で対応が必要となることがあります。

例：非課税限度額が7,100円から7,300円へ引き上げられた場合（12月払以降から改正後の非課税限度額を適用） 

改正後の通勤非課税限度額の適用など、詳細については、国税庁ホームページで公開されている「通勤手当の非課税限度額の引上げに関するＱ＆Ａ」をご確認ください。

改正後の通勤非課税限度額での給与計算対応

「個人情報」にて非課税限度額を変更後、給与計算をおこなう

まず「個人情報」にて通勤非課税限度額を改正後の額へ変更し、その後、給与計算の実行をおこなってください。
 

■効率的な変更方法

通勤非課税限度額の変更には、個人情報内の「シート入力」機能の活用をお勧めします。
詳しい手順については、「通勤手当の金額を効率よく変更する方法」をご確認ください。

■既に計算し明細入力をおこなっていた場合の対応方法

通勤非課税限度額を「個人情報」にて変更する前に、既に給与計算を実行し、明細入力(一部計算)をおこなっていた場合は、「明細入力(一部計算)後に個人情報を修正した場合に該当者だけを再計算する方法」の手順にて対応をおこなってください。

明細にお知らせを表示する

通勤非課税限度額の変更をおこなった従業員の明細書には、変更内容をお知らせすることをお勧めします。

手順につきましては「明細書に従業員や部課別で異なるお知らせを記載する方法(WEB明細共通)」をご確認ください。

令和7年分年末調整における遡及対応の流れ

ここでは、遡及対応の基本的な流れをご説明します。
詳細な手順につきましては、「通勤非課税調整操作マニュアル」をご確認ください。
 

1．遡及対象月の給与計算・給与更新をおこなう

遡及額を算出する対象月の給与計算・給与更新(※)をおこなった状態にしておきます。
例として、12月支払から改正後の非課税限度額を適用する場合は、11月までの給与計算・給与更新を完了させておきます。

(※)12月給与まで遡及対象月かつ年末調整額を12月支給の「給与に反映する」場合に限り、給与計算後に給与更新はおこないません。
 

2．「通勤非課税調整機能」にて遡及額を算出し、「調整支給の入力」へ適用させます

2025年12月4日に「Cells給与」V9.61にて、「通勤非課税調整機能」が追加されました。

本機能にて、令和7年に『Cells給与』で計算・保存されたデータに基づき、非課税対象となる通勤手当の遡及額を、対象者と遡及対象月から算出します。
ただし、ご利用状況により、手入力での操作が必要となる場合がございますので予めご了承ください。
算出した遡及額は「調整支給の入力」へ適用させます。
 

【お急ぎの場合の対応】

「通勤非課税調整機能」のご提供前に対応が必要な場合は、「調整支給の入力」に直接遡及額を入力していただくことも可能でございます。

詳細につきましては「新たに非課税対象となる通勤手当の遡及額を入力して年末調整する方法」をご確認ください。

3．年末調整計算をおこない、源泉徴収簿を出力する

「調整支給の入力」に遡及額が反映されていることを確認し、年末調整計算をおこないます。
「通勤非課税調整機能」を利用し遡及額を算出した場合は、源泉徴収簿の欄外に、計算根拠及び新たに非課税となった金額が表示されます。

■国税庁の記載例　※Cells給与での表記は異なる場合がございます。

出典：国税庁「年末調整で精算する際の源泉徴収簿の記載例」

年の中途の退職、非居住者、死亡退職の方の対応

年の中途で、退職された方、非居住者となった方、死亡退職した方の対応は、支払った通勤手当の金額によって対応が異なります。

改正前の非課税限度額以下で通勤手当を支払っていた場合

対応は不要です。

改正前の非課税限度額を超えた通勤手当を支払っていた場合

改正後の非課税限度額を適用することで新たに非課税となる金額があるときは、遡及対応をおこない、源泉徴収票を再交付します。
Cells給与V9.61(2025年12月4日提供)にて源泉徴収票の摘要欄に「再交付」を記載する機能に対応しました。

年の途中の退職・非居住者・死亡退職の対応に関する詳細については、国税庁ホームページで公開されている「通勤手当の非課税限度額の引上げに関するＱ＆Ａ」Q13、Q14、Q16をご確認ください。

■年の中途の退職者の場合の対応

1. 「通勤非課税調整機能」にて遡及額を算出し、「調整支給の入力」へ適用させます。
2. 源泉徴収票を再交付します。
   詳細手順は「退職者が発生した場合の対応方法」の「源泉徴収票」の作成をご確認ください。

【確定申告での精算対応について】
本年の年末調整の際に精算する機会のない人については、確定申告により精算することができます。
参考：国税庁「通勤手当の非課税限度額の引上げについて」の「3.課税済みの通勤手当についての精算」

■年の中途で非居住者となる場合の対応

1. 「通勤非課税調整機能」にて遡及額を算出し、「調整支給の入力」へ適用させます。
2. 年末調整計算をおこないます。
   詳細手順は「年の途中で非居住者となる場合、年末調整はどのようにすればよいですか」の手順2～4をご確認ください。
3. 源泉徴収票を再交付します。

■死亡退職の場合の対応

1. 「通勤非課税調整機能」にて遡及額を算出し、「調整支給の入力」へ適用させます。
2. 年末調整計算をおこないます。
   詳細手順は「死亡退職時の年末調整の方法」の手順2～4をご確認ください。
3. 源泉徴収票を再交付します。